Die vielseitige Hinterglaskunstsammlung des Museums zeigt neben regionalen Exponaten aus dem Staffelseegebiet und aus Augsburg auch internationale Hinterglasmalregionen bis hin nach Asien, u.a. aus den Sammlungen von Udo und Hedi Dammert und Wilhelm Gartner.
Dabei wird neben weiteren Sequenzen, die sich ikonographischen und stilistischen Schwerpunkten widmen, auch der modernen und zeitgenössischen Hinterglaskunst mit Werken von Paul Klee, Oskar Schlemmer, August Macke, Gabriele Münter und Carl Rabus bis hin zu Cuno Fischer, Fride WirtlWalser, Gaby Terhuven, Gerhard Richter und Rupprecht Geiger größerer Raum eingeräumt.
Das Schloßmuseum Murnau wurde 1995 mit dem Bayerischen Museumspreis ausgezeichnet.