Das Herzstück des Museums bildet die umfangreiche Sammlung von Werken Gabriele Münters mit über 80 Gemälden, Zeichnungen und Grafiken aus der Zeit von 1902 bis kurz vor ihrem Tod 1962.
Alle Werkphasen Gabriele Münters sind vertreten: von den Zeichnungen, frühen Druckgrafiken über Bilder aus der expressionistischen Phase bis hin zu ihrem Spätwerk und abstrakten Kompositionen.
Gabriele Münter lebte von 1908 bis 1914 mit Wassily Kandinsky und später mit Unterbrechungen mit ihrem Lebensgefährten Johannes Eichner (1886-1958) bis zu ihrem Tode 1962 in ihrem Haus an der Kottmüllerallee. Es war durch die Zeit mit Wassily Kandinsky und seinen russischen Weggefährten Marianne von Werefkin und Alexej Jawlensky im Volksmund das "Russenhaus" genannt worden. Das Haus wurde ein Treffpunkt für Künstlerfreunde wie u.a. Franz Marc, Heinrich Campendonk und Paul Klee. Im Herbst 1911 fanden hier die Redaktionssitzungen des "Blauen Reiter" statt.
Zahlreiche Werke geben im Schloßmuseum Murnau einen anschaulichen Überblick über die künstlerische Entwicklung Gabriele Münters, die so entscheidend von dem Ort und der Landschaft des Voralpenlandes geprägt war.